館内は第1水槽室から第4水槽室までテーマごとに分かれており、無脊椎動物だけで常時約500種という国内屈指の展示スケールを誇ります。現地で必ずチェックしておきたい主要な見どころと、滞在時間の目安を整理しました。
第1水槽室（大型回遊水槽と大型無脊椎動物）では、田辺湾の海底環境が再現され、大型のロウニンアジやエイとともに、巨大なイセエビの群れやタカアシガニが共存する姿を観察できます。続く第2・第3水槽室（無脊椎動物の系統展示）こそが本館の真骨頂です。刺胞動物（サンゴ、クラゲ）、環形動物、節足動物、軟体動物などが分類群ごとに整然と並び、ルーペを使いたくなるほど微小な生体までクリアに展示されています。
第4水槽室（特別展示・地域の生物）では、実験所の研究成果に基づいた企画展や、実験所の研究者が採集した珍しい深海生物・季節限定の微小生物が紹介され、訪れるたびに新しい発見があります。
気になる所要時間の目安は以下の通りです：
- サクッと見学コース（一般観光向け）：約40分〜50分（主要な大型水槽と代表的な展示を中心に一周）
- じっくり観察コース（マニア・知的好奇心重視）：約1時間30分〜2時間（詳細な解説文の読み込みや微小生物の生態観察を含む）
