お腹が鳴る現象そのものは、胃や腸が内容物やガスを先へ送り出そうとする「蠕動（ぜんどう）運動」によって起こります。特に空腹時には、胃を掃除するために強い収縮運動（伝播性消化管収縮：MMC）が発生し、胃の中に残った空気と液体が激しく混ざり合って大きな音を立てます。
しかし、腹鳴恐怖症に悩む人の多くは、純粋な空腹だけが原因ではありません。強い不安やプレッシャーを感じると交感神経が過剰に優位になり、胃腸の動きが不安定になります。さらに、緊張から無意識に唾液と一緒に大量の空気を飲み込んでしまう空気嚥下症（呑気症）を併発しているケースが非常に多く見られます。胃や腸に余分なガスが溜まりやすくなり、わずかな動きでもポコポコと不快な音が発生してしまうのです。
また、慢性的な腹部膨満感やガスによる腹痛を伴う場合は、過敏性腸症候群（IBS）ガス型の可能性も考えられます。腸が知覚過敏状態に陥ることで、わずかなガスの動きを過剰に気にしてしまい、さらなる緊張を呼ぶ悪循環を生み出します。
