自家用車で来場する場合、岡崎エリアの駐車場事情は極めてシビアであることを覚悟しなければなりません。みやこめっせ周辺には、直結の「みやこめっせ地下駐車場（163台収容）」と、道路を挟んで隣接する「岡崎公園駐車場（506台収容）」という2つの大規模駐車場が存在します。
しかし、週末や大型催事の開催日には、開場前の午前9時30分〜10時頃には満車となり、二条通や神宮道に沿って長い入庫待ちの車列が形成されます。一度この列に並んでしまうと、左折・右折禁止等の交通規制も相まって身動きが取れなくなり、1時間以上を車内で浪費することになります。
料金面では、岡崎公園地下駐車場が最初の1時間500円（以降30分毎200円、平日上限設定あり）などで運用されていますが、特定日や特別催事期間中は上限料金が適用除外となる日もあるため注意が必要です。周辺施設（美術館など）との提携割引や各種優待も条件が細かく設定されています。
混雑を確実に回避するための実践的な裏ワザは以下の3点です。
- 朝8時台前半の超アーリー入庫：午前8時30分の駐車場オープン直後を狙って入庫を済ませ、近隣のカフェ等で開場を待つ。
- 地下鉄東西線沿線のパーク＆ライド：山科方面（御陵駅や椥辻駅周辺）や太秦方面のコインパーキングに駐車し、地下鉄東西線で「東山駅」へ向かう（駐車料金も大幅に抑えられます）。
- 事前予約型駐車場の確保：「akippa」や「タイムズのB」などの駐車場シェアリングサービスを使い、三条・東山エリアの住宅街にある予約制駐車場を事前に押さえておく。
