多くの家庭で繰り返される最大の失敗が「一般的なアミノ酸系除草剤（グリホサートなど）を撒いてしまうこと」です。通常の除草剤は高等植物の葉緑素や特有のアミノ酸生合成経路を標的として設計されています。原核生物であるシアノバクテリアにはその作用点が合致せず、全くダメージを与えられません。
それどころか、周囲の雑草だけが枯れることで日光を遮る障害物がなくなり、水はけが悪化した土壌環境が完成します。その結果、光合成効率が最大化され、かえってイシクラゲが大爆発的に増殖するという最悪の事態を招きます。主なイシクラゲ発生原因は以下の3点に集約されます。
- 日当たりが良く、水分が停滞しやすい環境：適度な湿り気と日光があれば光合成のみで無機物から増殖します。
- 土壌のアルカリ化：コンクリートの石灰分が雨水で溶け出した砂利敷きや、過剰な石灰散布を行った土壌を好みます。
- 土壌のリン酸過多：過度な化学肥料や堆肥の残留成分が、藍藻類の爆発的増殖を強力に後押しします。
