二の丸駐車場を利用する際、見落としがちな特殊ルールや優遇制度についても確認しておきましょう。
まず注意したいのが熊本城二の丸駐車場の夜間出庫です。通常営業時間を過ぎると進入ゲートが閉鎖され、新規の入庫は一切できなくなります。ただし、閉門時間内に入庫していれば、営業時間終了後も自動精算機を通じて出庫専用レーンから退出可能です。とはいえ、夜間は場内の照明が最小限となり足元が暗くなるため、基本的には営業時間内の出庫を心がけてください。
ツーリングで訪れるライダー向けには、熊本城二の丸駐車場に専用のバイク駐輪場が完備されています。二輪車の利用料金は1回200円（大型・原付問わず）となっており、舗装された専用スペースへ安心して停められます。
また、福祉面での配慮も行き届いています。熊本城の駐車場における障害者割引として、身体障害者手帳、療育手帳、精神障害者保健福祉手帳をお持ちの方が同乗している場合、精算時に手帳またはミライロIDを提示（インターホン対応等）することで、利用料金が全額免除（無料）となります。
