新本堂の奥に位置する「内仏殿（ないぶつでん）」は、4フロアにわたって数多くの仏像や霊場が配置された祈りの一大ミュージアムともいえる施設です。中でも参拝者の間で高い注目を集めているのが、1階通路に広がる「祈りの回廊」です。
回廊の両壁面には、信徒の願いが込められた約1万体のクリスタル五輪塔が整然と奉安されています。照明を落とした静謐な空間の中で、LEDの光を受けた無数のクリスタルが幻想的な輝きを放ち、まるで異次元の光のトンネルを歩んでいるかのような荘厳さに包まれます。回廊の中心部には巨大な木彫りの「お願い不動尊」が鎮座しており、直接手で触れて祈願する「撫で仏」として親しまれています。
内仏殿の各階フロア構成と見どころは次の通りです。
- 1階：祈りの回廊（クリスタル五輪塔）、お願い不動尊、みまもり不動尊
- 2階：四国八十八ヶ所巡拝所（各霊場のお砂踏みが可能で、都内にいながらお遍路参りと同じ功徳が得られるとされる）、恵比寿・大黒天像
- 4階：宝蔵大日如来像、天井画「大日如来蓮池図」（中島千波画伯による圧巻の大作天井絵）
内仏殿の拝観料は原則無料（一部特別展示期間を除く）となっており、新本堂での護摩参列後にそのまま順路に従って巡回できます。外観の斬新さとは対照的に、内部は伝統的な仏教美術の粋が集約された深い精神世界が広がっています。
