小田急線新宿駅地下西口改札横に位置する「箱根そば 本陣」は、チェーンのフラッグシップ（旗艦店）として特別な位置づけにあります。通常の箱根そばとは以下の明確な違いが存在します。
1. 麺とだしのグレード
本陣では、蕎麦の実の中心部を使った更科系の特選粉を使用し、より白く滑らかな喉越しとコシを追求。つゆも本陣専用に調合された上質なかえしと出汁が使われています。
2. 天ぷらのクオリティと限定食材
名物のかき揚げには大粒の海老やホタテなどの海鮮がふんだんに使われ、高級感のある仕上がりに。大海老天や旬の一本穴子天など、本陣でしか食べられない豪華な天ぷらメニューが常時ラインナップされています。
3. 価格設定と内装
価格は通常店舗より50円〜150円ほど高めに設定されていますが、落ち着いた和モダンの内装とワンランク上の味わいで、常に満席に近い賑わいを見せています。
