物語の根底にあるのは、閉鎖的な学園空間で繰り広げられる人間関係の歪みです。放課後肉便器のあらすじを追うと、真面目で非非の打ち所がない優等生のヒロインが、ある些細な弱みを握られたことをきっかけに、放課後の空き教室や部室で理不尽な命令に従わされていく展開から始まります。
注目すべき登場人物は、追い詰められていくヒロインと、冷徹に支配を強める男子生徒たちです。序盤では激しい嫌悪感と屈辱に震えていたヒロインが、回を重ねるごとに逃れられない快楽と依存の泥沼に堕ちていく心理描写は、ダーク系作品の真骨頂と言えます。後半にかけて描かれる関係性の逆転や修復不能な結末など、息を呑むようなプロットが展開されます。