西国三十三所第32番札所として、観音正寺の納経所は年間を通じて多くの巡礼者や御朱印収集家で賑わいます。現在拝受できる主な御朱印には、中央に豪快な筆致で記される本尊「大悲殿」の御朱印や、詠歌「あなとうと 導き給へ 観世音 誓ひの海に 浮かぶうたかた」の御朱印があります。
さらに近年では、繊細なレーザー加工が施された特別切り絵御朱印や、聖徳太子開創にちなんだ期間限定の特別な墨書・散華の授与も行われており、参拝の記念として高い人気を集めています。隣接する戦国屈指の山城「観音寺城」の御城印についても、寺務所および山麓のガイダンス施設で取り扱われており、歴史ファンからの需要が絶えません。
混雑状況に関しては、紅葉シーズン(11月中旬〜下旬)や大型連休、春の行楽期の週末午前10時〜午後2時にかけて、林道駐車場が一時的に満車となる傾向が見られます。林道は一部ですれ違いが困難な狭隘路が存在するため、運転に不慣れな方は混雑時間帯を避け、午前8時30分の開門直後を狙うのが賢明です。