快適に利用できる一方で、現場を観察すると避けて通れない最大のボトルネックが存在します。それは「徳島阿波おどり空港駐車場には事前予約枠が存在しない」という点です。
駐車可能台数は約1,000台規模と地方空港としては広いキャパシティを誇りますが、完全先着順での入場となります。そのため、以下のようなシチュエーションでは突発的な満車トラブルに巻き込まれるリスクが跳ね上がります。
「阿波おどり期間中の午前中、フライトの40分前に到着したら満車ゲートが閉まっており、空車待ちの列で搭乗口まで走る羽目になった」「ゴールデンウィークの初日は朝8時の段階で敷地内がぎっしり埋まっていた」といった利用者の悲鳴は、毎年のようにSNS上で報告されています。特に東京（羽田）便や福岡便の出発時刻が重なる時間帯は、送迎車と旅行者の車両が一気に押し寄せ、1時間無料枠を狙う車と相まって入出庫口が混雑します。
こうしたトラブルを防ぐ唯一の自衛策は、出発当日の朝に徳島阿波おどり空港の公式ウェブサイトで混雑状況（空車・混雑・満車）をリアルタイム確認することです。大型連休や夏休み期間中に利用する場合は、「最低でも出発予定時刻の90分前」には空港敷地内へ進入しておくのが、現地を知る常連ドライバーの鉄則です。
