公共交通機関を利用して訪れる場合、りんかい線「国際展示場駅」から徒歩約8分、またはゆりかもめ「東京ビッグサイト駅」「有明テニスの森駅」から徒歩約8分と、アクセス環境は極めて良好です。歩道は平坦で道幅も広く整備されているため、ベビーカーを押しながらの移動もストレスがありません。
自動車で来館する際は注意が必要です。東京都水の科学館には一般来館者用の専用駐車場がありません。障害者用駐車スペース（要事前連絡）を除き、一般車両は周辺の有料コインパーキングを利用する形となります。
近隣の大型商業施設「有明ガーデン」や「タイムズ有明セントラルタワー」などの民間駐車場を利用することになりますが、科学館利用による駐車料金の割引提携サービスは行われていません。東京ビッグサイトで大規模イベントが開催されている日程は周辺駐車場が満車になりやすいため、週末や連休は公共交通機関の利用を推奨します。
