那覇・三重城港を利用する際、最もトラブルが多発しているのがアクティビティ当日の集合場所の誤認です。現地を訪れる観光客の大半は、慶良間諸島ダイビング出航場所としての利用、または冬春シーズン（12月下旬～4月上旬）の三重城港ホエールウォッチング集合場所としての利用です。
ここで最大の罠となるのが、港内に複数の船着場（第1桟橋～第3桟橋、沿岸岸壁）と待合スペースが混在している点です。各ダイビングショップやツアー催行会社から届く集合案内の文面を検証すると、以下のような差異が見られます。
- 「三重城港 船客待合所内」集合：エアコンの効いた待合施設（那覇マリンユースセンター内）のロビーやベンチでスタッフが待機しているパターン。
- 「港内 三角屋根の東屋（あずまや）前」集合：待合所の外側にある屋外休憩スペース付近で点呼を取るパターン。
- 「指定バース（桟橋）の船前」集合：港湾ゲートを通過後、直接船が係留されている岸壁まで徒歩または車で移動して乗船手続きを行うパターン。
特に三重城港混雑状況2026年最新の傾向として、午前便の出航が重なる午前7時30分～8時30分および午後便の12時30分～13時30分は、ダイビングボートや大型ウォッチング船十数隻が一斉に動きます。港内の通路には器材を積んだハイエースや大型送迎バス、レンタカーがひしめき合い、自分が乗るべき船のスタッフを探し回るうちに集合時間を過ぎてしまう事例が後を絶ちません。
港内の三重城港船待合所設備としては、屋内の休憩スペース、男女別の更衣室・トイレ、飲料自動販売機、有料の温水シャワー設備（コイン式）が整備されています。ただし、ピーク時間帯は女性用トイレや更衣室に長蛇の列ができるため、水着やラッシュガードは宿泊ホテルで事前に着用した上で港へ到着するのが鉄則です。
