県内の高校受験指導現場や主要模擬試験の追跡調査データによると、笛吹高校の難易度は設置されている4つの専門系列・学科ごとに大きく二分されます。中心となる笛吹高校総合学科の偏差値は48〜50前後で推移しており、甲府南高校や甲府昭和高校の併願・再考先、あるいは甲府城西高校と並ぶ中堅公立の選択肢として定着しています。一方で、農業の未来を担う果樹園芸科・食品化学科・環境緑地科の3学科は偏差値42〜44前後が定位置となっており、実業・専門教育を志す層の堅実な受け皿として機能しています。
山梨県公立高校入試の後期募集における笛吹高校合格ラインを分析すると、学力検査（5科目500点満点）と調査書（内申点）のバランスが合否を左右します。総合学科の場合、合格ボーダーラインの目安は得点で240点〜260点、通知表の笛吹高校内申点は9教科合計で27〜30（オール3以上）がひとつの基準です。もし内申点が25前後とややビハインドを抱えている場合は、本番の学力検査で270点以上を叩き出す得点力が求められます。
対して農芸系3学科（果樹園芸科・食品化学科・環境緑地科）の合格ラインは、当日得点で200点〜220点、内申点は23〜25前後が標準的な目安となります。ただし、近年は「食と健康」「バイオテクノロジー」「地域創生」への関心の高まりから食品化学科の人気が局所的に高まるケースが見られ、得点ボーダーが230点台後半まで跳ね上がる年度もあるため油断は禁物です。
