ネット上の情報や経理初心者の間で誤解されがちなのが、宿泊税の法人税法上の取り扱いです。自治体に納める「租税」という名称がついていることから、「法人税法第38条（損金不算入となる租税公課）に該当して経費にできないのではないか」と懸念する声が散見されます。しかし、業務の遂行上直接必要であった宿泊に伴う宿泊税は、法人税法上、支出した事業年度の損金として全額が算入されます。
法人税で損金不算入とされるのは、法人税そのものや住民税の本税、交通反則金や重加算税といった懲罰的な性質を持つ公課です。事業活動に必要な移動や宿泊に付随して発生する地方税は、旅費交通費として処理しようと租税公課として処理しようと、全額が損金（個人事業主であれば事業所得の必要経費）として認められるため、法人税申告における別表調整は一切不要です。
一方、インボイス制度（適格請求書等保存方式）の運用下においては、領収書の記載形式に注意を払わなければなりません。ホテル側が発行するインボイスには、通常以下のような内訳が明記されています。
・宿泊代金本体：15,000円（税抜）
・消費税等（10%）：1,500円
・宿泊税（課税対象外）：200円
・領収総額：16,700円
インボイス制度において仕入税額控除を適用できるのは、適格請求書に記載された「課税資産の譲渡等の対価の額」に対する消費税額のみです。宿泊税はそもそも消費税の課税対象外であるため、適格請求書発行事業者の登録番号の有無にかかわらず、宿泊税部分に消費税の控除関係は一切生じません。領収書の税率区分欄で「対象外」「不課税」と明記されているかを確認し、課税売上割合の計算や控除税額の算出に狂いが生じないよう、厳密な証憑管理が求められます。
