忍術学園は、1学年あたり「い組」「ろ組」「は組」の3クラスで構成される全寮制の忍者学校です（※学年によってクラス編成の描写数は異なります）。ここでは、物語の核を担う生徒たちを学年ごとに紹介します。
一年生：物語の主軸を担う個性派集団
主人公たちが所属する一年生は、まだまだ未熟ながらも強い絆と独自の特技を持つ原石たちです。
- 猪名寺乱太郎（CV：高山みなみ）：【は組】保健委員会所属。摂津国出身。先祖代々ヒラ忍者の家系に生まれ、一流忍者を目指す。100メートルを10秒台で走る俊足の持ち主だが、極度の乱視で眼鏡が手放せない。絵を描く才能に長けている。
- 摂津のきり丸（CV：田中真弓）：【は組】図書委員会所属。摂津国出身。戦によって生家を焼かれ孤児となった背景を持ち、学費と生活費を稼ぐため凄まじい執念でアルバイトに励む。小銭の落ちる音には数キロ先からでも反応する。
- 福富しんべヱ（CV：一龍斎貞友）：【は組】用具委員会所属。山城国・堺の大貿易商「福富屋」の御曹司。のんびり屋で食いしん坊だが、怪力と強靭な頭突き、水鉄砲並みの鼻水など、特異な身体能力で幾度も危機を救う。
- 黒木庄左ヱ門（CV：東さおり / 摩味）：【は組】学級委員長委員会所属。炭屋の跡取りで、は組の頼れる頭脳。冷静沈着で判断力に優れ、個性派揃いのは組を束ねる実質的なリーダー。
- 加藤団蔵（CV：嶋方淳子 / 江森浩子）：【は組】会計委員会所属。近江国・馬借の若旦那。馬術の達人で行動力があるが、字が壊滅的に汚いという弱点を持つ。
- 佐武虎若（CV：小林優子）：【は組】生物委員会所属。鉄砲隊の頭領の息子。火縄銃への愛情が深く、重い銃器を軽々と扱う腕力を持つ。
- 笹山兵太夫（CV：むたあきこ）：【は組】作法委員会所属。丹波国出身。からくり仕掛けを作る天才で、自室には侵入者を撃退する凶悪な罠が張り巡らされている。
- 夢前三治郎（CV：渋谷茂 / 江森浩子）：【は組】用具委員会所属。山伏の息子で、風の動きや気配を察知する鋭い直感力と俊敏性を誇る。
- 皆本金吾（CV：渡辺久美子）：【は組】体育委員会所属。相模国出身の武家育ち。剣豪を目指し、実直に修行へ打ち込む一本気な性格。
- 二郭伊助（CV：佐藤智恵）：【は組】火薬委員会所属。染物屋の息子で、学園随一の綺麗好きかつ几帳面な性格。整理整頓の鬼。
- 山村喜三太（CV：大和田仁美 / 杉本沙織 / 鈴木富子）：【は組】用具委員会所属。相模国・風魔忍者の末裔。ナメクジをこよなく愛し、マイペースながら高度な忍術の素養を秘める。
二年生・三年生：成長過程にある実力派たち
個性の芽吹きと先輩・後輩の狭間で奮闘する中堅学年です。
- 池田三郎次（CV：高垣彩陽）：【二年生・作法委員会】い組。 sarcasticな言動といたずら好きで一年生を翻弄する。
- 川西左近（CV：福島潤）：【二年生・保健委員会】ろ組。不運に巻き込まれやすい保健委員の後輩を気遣う心優しい性格。
- 能勢久作（CV：土門仁）：【二年生・図書委員会】い組。非常に几帳面でテストの裏の裏まで読みすぎる傾向がある。
- 時友四郎兵衛（CV：足立友）：【二年生・体育委員会】い組。マイペースで感情の起伏が少なく、独特の空気感を持つ。
- 伊賀崎孫兵（CV：千葉一伸）：【三年生・生物委員会】い組。毒蛇の「ジュンコ」をはじめとする危険生物を多数飼育する危険物マニア。
- 神崎左門（CV：宮田幸季）：【三年生・会計委員会】ろ組。「決断力はあるが方向音痴」という致命的かつ愛すべき特徴を持つ。
- 次屋三之助（CV：まるたまり）：【三年生・体育委員会】ろ組。無自覚な方向音痴で、歩いているだけで全く別の場所へ辿り着く。
- 富松作兵衛（CV：青山穣）：【三年生・用具委員会】ろ組。責任感が強く、マイペースな三年生の中では比較的常識人。
- 浦風藤内（CV：桃森すもも）：【三年生・作法委員会】は組。自主トレを欠かさない真面目な努力家で、予習・確認を徹底する。
- 三反田数馬（CV：下野紘）：【三年生・保健委員会】は組。影が薄いことを気にしているが、保健委員として献身的に動く。
四年生・五年生：専門性と独自の美学を極めた実力者
高度な忍術を体得し、独自の得意武器や専門分野を確立した学年です。
- 平滝夜叉丸（CV：高木渉）：【四年生・体育委員会】い組。戦輪（せんりん）の名手。「学園一の美男子」を自称する強烈なナルシストだが、実力は本物。
- 綾部喜八郎（CV：石田彰）：【四年生・作法委員会】い組。「天才トラパー」と呼ばれ、四六時中すきあらば落とし穴（愛用鋤：踏鋤の手鋤）を掘り続けるマイペース派。
- 田村三木ヱ門（CV：安達忍）：【四年生・会計委員会】ろ組。火器・石火矢の扱いに長け、大砲に「ユリコ」などの女性名を付けて溺愛する。滝夜叉丸とはライバル関係。
- 浜守一郎（CV：梶裕貴）：【四年生・用具委員会】は組。途中編入生。真面目で熱血漢だが、一度笑いのツボに入ると箸が転んでも大爆笑してしまう癖を持つ。
- 斉藤タカ丸（CV：浪川大輔）：【四年生・火薬委員会】は組。実家が髪結い処で、自身もカリスマ髪結い。忍者の基礎を学ぶため年上ながら四年生に編入した。
- 久々知兵助（CV：小田久史）：【五年生・火薬委員会】い組。火薬委員長代理。頭脳明晰で誠実だが、豆腐に関する知識と情熱が常軌を逸している「豆腐小僧」。
- 尾浜勘右衛門（CV：渋谷茂）：【五年生・学級委員長委員会】い組。学級委員長委員長代理。巻き込まれ体質だが、適応力が高く飄々と仕事をこなす。
- 不破雷蔵（CV：金丸淳一）：【五年生・図書委員会】ろ組。温厚で後輩思いの好青年だが、何事においても優柔不断で考え込んでしまう癖（迷い癖）がある。
- 鉢屋三郎（CV：山崎たくみ）：【五年生・学級委員長委員会】ろ組。変装の達人で、素顔を知る者は学園内でも極めて少ない。普段は不破雷蔵の顔を借りて生活している。
- 竹谷八左ヱ門（CV：東龍一）：【五年生・生物委員会】ろ組。生物委員長代理。一度飼った生き物は最後まで責任を持つ情に厚い兄貴分。
六年生：学園の頂点に君臨するプロ予備軍
忍術学園の最上級生であり、実質的にプロ忍者の領域に達している精鋭たち。劇場版やスピンオフでも主役級の存在感を誇ります。
- 潮江文次郎（CV：成田剣）：【六年生・会計委員会 委員長】い組。「地獄の会計委員長」「学園一ギンギンに忍者してる男」。鍛錬と予算削減に命を燃やす熱血漢。得意武器は袋槍。
- 立花仙蔵（CV：保志総一朗）：【六年生・作法委員会 委員長】い組。学園一のクールビューティーであり火薬・宝禄火矢のスペシャリスト。冷静沈着だが、一年は組（特に乱太郎・しんべヱ・喜三太）に巻き込まれると不運な爆発事故に遭う。
- 中在家長次（CV：渋谷茂）：【六年生・図書委員会 委員長】ろ組。「沈黙の生き字引」。普段は無口で不気味な表情を崩さないが、心は極めて温厚。縄標（じょうひょう）の名手。笑顔を見せるときほど怒っているとされる。
- 七松小平太（CV：神奈延年）：【六年生・体育委員会 委員長】ろ組。「いけいけどんどん！」が口癖の豪快な野生児。底なしの体力と怪力を誇り、塹壕を手で掘り進めるなど人間離れした身体能力を持つ。苦無の名手。
- 善法寺伊作（CV：置鮎龍太郎）：【六年生・保健委員会 委員長】は組。温厚で誰にでも分け隔てなく接する医療の達人だが、学園一の「不運」を引き寄せる体質。敵味方問わず負傷者を救護する博愛主義者。
- 食満留三郎（CV：鈴木千尋）：【六年生・用具委員会 委員長】は組。勝気で好戦的、「戦う用具委員長」。文次郎とは顔を合わせれば喧嘩になる宿命のライバルだが、後輩への面倒見は抜群に良い。得意武器は鉄双節棍。
