立田阿蘇三宮神社の成り立ちを紐解く上で欠かせないのが、肥後国一宮である阿蘇神社（阿蘇市）との深甚な系譜です。社伝や郷土史料によると、当社の主祭神は阿蘇十二神の第三類に数えられる國龍神（くにたつのかみ）であり、別名を草部吉見神（くさかべよしみのかみ）とも伝えます。神武天皇の皇子である神八井耳命の御子とも位置づけられるこの神は、阿蘇の外輪山を切り開き、豊かな水田を拓いた開拓の祖神として崇敬を集めてきました。
なぜ阿蘇山麓の神霊が、遠く離れた熊本市北区の立田の地に祀られることになったのか。その背景には、阿蘇外輪山から熊本平野へと注ぎ込む白川の流路管理と地域開拓の歴史が深く関わっています。古代から中世にかけて、白川流域は度重なる氾濫に見舞われる暴れ川であり、下流部を治めるためには阿蘇の山々から湧き出る水神・開拓神を勧請し、水害を鎮め五穀豊穣を祈る精神的防波堤が必要でした。
肥後国誌などの近世地誌を精査すると、阿蘇神社の分霊を各地に祀った「阿蘇社」の中でも、三之宮の神霊を主軸として奉斎した事例は極めて格式が高く、中世の領主層や近世の熊本藩主・細川家からも篤い庇護を受けていた事実が確認できます。単なる地方の小祠ではなく、阿蘇の神威を熊本城下の北東（鬼門に近しい要衝）に結界として配備した国家・地域鎮護の意図が、この立田の地を選定させた決定的な理由といえます。
