東部医療センターへのアクセスは、名古屋市営地下鉄の主要駅から市バスを利用するのが最も一般的で利便性が高いルートです。
最寄り駅となる地下鉄東山線・桜通線「今池駅」または東山線「池下駅」のバスターミナルから、名古屋市営バス（東巡回系統や幹名駅1系統など）に乗車し、停留所「東部医療センター」で下車してすぐ目の前です。今池駅や池下駅からは徒歩でも12〜15分程度（約1km）でアクセス可能な距離に位置しています。
自家用車で来院する場合、敷地内に大規模な立体駐車場が完備されています。駐車料金は外来受診患者向けの割引制度が導入されており、受診手続き時に駐車券を院内の認証機（または外来受付）に通すことで、入庫から一定時間（通常30分〜数時間程度）が100円〜300円前後の優待料金で利用できます。ただし、平日の午前中は外来受診者の車で駐車場入口に列ができることもあるため、公共交通機関の積極的な利用が推奨されます。
