原作のメインストーリーに直結し、常にファンの期待を一身に背負うのが「黒ずくめの組織」との直接対決を描いた劇場版です。これまでに組織が本格的に関与した作品は限られており、いずれもシリーズのターニングポイントとなっています。
・『天国へのカウントダウン』（第5作）
劇場版で初めて黒ずくめの組織（ジン、ウォッカ）が本格介入した作品。灰原哀の不穏な単独行動と、ツインタワー爆破のカウントダウンが極限のサスペンスを生み出しました。
・『漆黒の追跡者（チェイサー）』（第13作）
コナンの正体が工藤新一であると組織の潜入捜査官アイリッシュに突き止められる絶体絶命の危機を描いた一作。東京タワーでのヘリコプター銃撃戦など、派手なアクションも際立ちます。
・『純黒の悪夢（ナイトメア）』（第20作）
組織のNo.2「ラム」の右腕とされるキュラソーが登場。東都水族館の観覧車上での赤井秀一と安室透の肉弾戦、そして組織のスナイパー部隊の冷酷さがスクリーンを制圧しました。
・『黒鉄の魚影（サブマリン）』（第26作）
老若認証システムを巡り、灰原哀＝シェリーの生存疑惑が浮上。ジンの冷徹な追跡、ベルモットの真意、ピンガの暗躍など、組織編の集大成とも言える重厚なプロットが展開されました。ネット上の反応でも「組織編の緊張感が歴代最高レベル」「哀ちゃんの心情描写に涙した」と絶賛の声が溢れました。
