焼き上がったクッキーをそのまま放置するのは厳禁だが、熱いまま容器に密閉するのもNGだ。内部で結露が生じ、一瞬で湿気てしまう。必ずケーキラックなどの上で完全に冷まし切る工程を挟まなければならない。
冷めた後の保存には、2026年の現在ベーキング愛好家の間で定番となっている「ガスバリア袋＋脱酸素剤（エージレス）」の組み合わせが最強だ。一般的なタッパーやジッパー付き保存袋は、目に見えない微細な穴から空気や湿気を通してしまう。酸素を通さない特殊フィルム製の袋を使用することで、油脂の酸化を劇的に遅らせることが可能になる。
シリカゲル（乾燥剤）を入れる場合は、クッキーの量に対して十分なサイズを選ぶこと。シリカゲルは湿気を吸うが酸化は防げない。長持ちさせたい場合は「乾燥剤」と「脱酸素剤」のダブル使いがプロの常識となっている。
