生物分類上、すっぽんは爬虫綱カメ目に属しているため、広義の「カメの仲間」であることに間違いはありません。しかし、科レベルで見るとスッポン科とイシガメ科の分類という明確な分岐が存在します。本州の河川で頻繁に目にするニホンイシガメやクサガメ、外来種として定着したミシシッピアカミミガメ（ミドリガメ）がイシガメ科やヌマガメ科に属するのに対し、すっぽんは独立したスッポン科を形成しています。
すっぽんと亀の決定的な違い理由を解き明かす最大の鍵は、甲羅の柔らかさと構造の違いにあります。一般的なカメの甲羅は、骨質の板の上にケラチンでできた硬い鱗板（甲板）が幾重にも重なり、外部からの強い衝撃や捕食者の牙を跳ね返す強固な装甲として機能します。手で触れると陶器や石のように硬質です。
対照的に、すっぽんの甲羅は骨格の周辺部が退化して軟骨質へと変化しており、その表面は分厚いゼラチン質と強靭な革状の皮膚で覆われています。指で押すと弾力を感じるほど柔軟で、縁の部分（エンペラと呼ばれる部位）はヒレのようにしなやかです。この軽量化された柔軟な甲羅こそが、泥深く流れのある水底を高速で泳ぎ回り、砂泥の中に素早く潜り込むための高度な水棲適応の結果です。
