京都医療センターの歴史を紐解くと、政策医療における内分泌・代謝性疾患の高度専門医療施設（準ナショナルセンター）として、国立病院機構のネットワークの中核を担ってきた背景があります。現在では京都医療センターの診療科一覧に名を連ねる39の標榜科が緊密に連携し、単一のクリニックでは対応しきれない複雑な合併症や難病治療に力を発揮しています。
中でも特筆すべきは、京都府南部および京都市伏見エリアの最後の砦として機能する京都医療センターの救命救急センターです。重篤な脳卒中、急性心筋梗塞、重症外傷などを24時間365日体制で受け入れる高度急性期医療の現場では、ドクターカーの運用や多職種連携による迅速な初療が日々行われています。医療関係者の証言でも、「南京都エリアで命に関わる救急搬送といえば京都医療センター」と評されるほど、その即応性には定評があります。
また、国立病院機構京都医療センターのがん診療体制も地域医療の要です。地域がん診療連携拠点病院として、胃がん、大腸がん、肺がん、乳がんなどの主要ながんはもちろん、泌尿器や婦人科領域の悪性腫瘍に対しても、手術療法・化学療法・放射線治療を組み合わせた高水準の集学的治療を提供しています。ゲノム医療やロボット支援手術の導入など、先端医療の現場としての機能も年々強化されています。
