白カビ以外にも、保管状態によってはより危険度の高いカビや腐敗が進行することがあります。特に湿気と温度が揃った環境下では、変色や異臭を伴う重篤な劣化が発生します。
まず警戒すべきは干し芋の青カビの毒性です。青緑色や深緑色の粉を吹いたような斑点が見られる場合、ペニシリウム属をはじめとするカビ毒（マイコトキシン）を産生する菌が繁殖している可能性が高くなります。カビ毒は熱に強く、通常の加熱調理でも分解されにくいため、少量でも体内に取り込むと消化器系に悪影響を及ぼす恐れがあります。
さらに干し芋の黒カビは極めて危険です。黒や濃い茶色の斑点となって現れる黒カビ（クラドスポリウム等）は、アレルギー反応や呼吸器障害の引き金になり得ます。サツマイモ本来の繊維や皮の黒ずみと見分けがつきにくいケースもありますが、変色部分が盛り上がっている、あるいは周辺に滲むように広がっている場合はカビと判断すべきです。
また、干し芋が腐るとどうなるかという兆候について、老舗メーカーや保健所の検査データでは以下の3つのサインが挙げられています。
第一に臭いの異変です。袋を開けた瞬間に鼻を突く「酸っぱい臭い」「アルコール臭」「カビ臭さ」「生ゴミのような饐えた臭い」がする場合は腐敗が進んでいます。第二に酸っぱい味や舌のピリピリ感、第三にネバつき・糸引きです。サツマイモ本来の甘みではなく酸味を感じた段階で、直ちに食べるのを中止してください。
