マイクロバイオームの改善を試みる際、最も基本的かつ効果的な手段が食事介入です。ここで絶対に整理しておくべき知識が、プロバイオティクスとプレバイオティクスの違いです。
プロバイオティクス（Probiotics）とは、摂取した際に宿主の体に有益な作用をもたらす「生きた微生物そのもの」を指します。ヨーグルトや納豆、キムチ、味噌、ぬか漬けに含まれる乳酸菌、ビフィズス菌、納豆菌、酵母などがこれに該当します。ただし、経口摂取した菌の多くは胃酸や胆汁酸で死滅するか、生きて腸に届いたとしても定着せず、数日から1週間程度で便とともに体外へ排出される「通過菌」に過ぎません。それでも通過する過程で腸内環境を弱酸性に保ち、既存の常在菌を活性化させる刺激物質として機能します。
一方で、現代人に圧倒的に不足しており、改善の主軸とすべきなのがプレバイオティクス（Prebiotics）です。これは腸内の有用菌の選択的なエサとなり、その増殖を促進する「難消化性の食品成分」を指します。代表格は、ゴボウ、海藻類、大麦、アボカド、タマネギ、キノコ類に含まれる水溶性食物繊維（イヌリン、β-グルカン、ペクチン）や、オリゴ糖です。
科学的に推奨されるマイクロバイオームの食事改善方法は、生きた菌（プロバイオティクス）とエサ（プレバイオティクス）を同時に摂取する「シンバイオティクス（Synbiotics）」の実践です。納豆（菌）に刻んだオクラやメカブ（水溶性食物繊維）を合わせる、あるいは無糖ヨーグルトにバナナやきな粉（オリゴ糖・食物繊維）をトッピングするといった日常的な組み合わせが、最も堅実な菌叢の育成につながります。
