藤田晋との離婚から約4年後の2009年3月、奥菜恵は同年代の一般会社員の男性との再婚を発表します。この結婚と同時に妊娠を発表し、同年9月に長女、2011年5月には次女を出産。芸能活動のペースを大幅に落とし、2児の母親として穏やかな家庭生活を営んでいるかに見えました。
しかし、平穏な日々は長くは続きませんでした。2012年頃には別居状態に入っていたことが後に明らかになります。元夫は一般企業に勤める会社員であり、芸能界の特殊な環境や奥菜恵の女優復帰に対する温度差、さらには子育てと家事の分担を巡る価値観の食い違いが徐々に溝を深めていったと報じられています。
約3年間に及ぶ別居と慎重な協議の末、2015年9月に正式に離婚が成立しました。泥沼の裁判劇に発展することなく合意に至った背景には、何よりも幼い2人の娘の将来を最優先に考えた両者の配慮がありました。2人の子供の親権は奥菜恵が持ち、彼女は女手一つで子供たちを守り育てるシングルマザーとしての覚悟を決めて再スタートを切ったのです。