現在、パスポートの更新（切替申請）および新規申請は、マイナポータルを通じたオンライン申請（電子申請）が広く定着しています。スマートフォンのマイナポータルアプリとマイナンバーカード、そして現在所持しているパスポート（切替時）があれば、24時間いつでも自宅から申請手続きを完結できます。
オンライン申請最大の利点の一つが、クレジットカードによる手数料のオンライン納付に対応している点です。窓口で収入印紙を買い回る手間がなくなり、クレジットカードのポイントも還元されます。
一方で、オンライン申請には初心者が陥りやすい3つの注意点が存在します。
- 受取時の窓口出頭は必須：オンラインで申請を済ませても、パスポートの受け取りだけは偽造防止と本人確認の法的義務があるため、必ず本人が旅券窓口へ出向く必要があります（郵送受取は不可）。
- カード決済の引き落としタイミング：クレジットカード情報はマイナポータル上で事前登録しますが、実際の決済処理（引き落とし）は窓口でパスポートを受領した瞬間に行われます。有効期限切れや限度額オーバーのカードを登録していると、受取当日にエラーとなり交付がストップするリスクがあります。
- 審査完了までのタイムラグ：申請データ送信直後に受理されるわけではなく、自治体側の審査に数日を要します。写真の不備などがあればマイナポータル経由で再提出通知が届くため、こまめな通知確認が欠かせません。
