ディープダンジョンは地下1階から地下10階までの全10階層で構成されており、深層へ進むほど強力な装備が手に入ります。以下は全マップの名称と、絶対に回収すべき目玉レア財宝のリストです。
■ B1F：NOGIAS（ノギアズ）
序盤の小手調べフロア。ブラッドソード、エアナイフ、清盛、エリクサーが埋没。
■ B2F：TERMINUS（ターミナス）
高低差が激しい水辺マップ。リフレクトメイル、プラチナメット、ブラスフェザー、エリクサーを入手可能。
■ B3F：VERTE（ベルテ）
平坦だが足場が狭い階層。ヨーイチの弓、インビジブル、エリクサーなどが配置。
■ B4F：VALKYRIES（ヴァルキリーズ）
強力な女性騎士や魔道士が出現。佐助の刀、モーニングスター、カイザープレートを回収可能。
■ B5F：MLAPAN（マラパン）
段差が多く登攀が難しい地形。忍刀の名剣「陸奥守」、鯨の髭、エリクサーが存在。
■ B6F：TIGER（タイガー）
アンデッドが多発する難所。属性吸収を持つ「秘密の服」、佐助の刀、エリクサーが狙い目。
■ B7F：HORROR（ホラー）
強敵ニンジャやサムライが出現。最強格の杖「チリョクの杖」や、ローブオブロードが眠る重要フロア。
■ B8F：VOYAGE（ボヤージ）
広大な水路マップ。歩数計算が鍵。ラグナロク、ペルセウスの弓、エリクサーを発掘可能。
■ B9F：BRIDGE（ブリッジ）
狭い足場に強力な竜族が密集。FFT最強の片手剣「カオスブレイド」（攻撃力40、常時リジェネ・石化付与）や、グランドアーマーが手に入る最重要フロア。
■ B10F：END（エンド）
迷宮の最深部。ボス戦専用マップであり、ここでしか手に入らない特別な秘宝が待ち受けます。
なお、PSP版やスマートフォン版として展開された『獅子戦争』においてもディープダンジョンの基本構造やレア発掘テーブルは踏襲されており、通信プレイ限定装備を除けば本編最高峰の武具を揃える定番スポットとして君臨し続けています。
