車でアクセスする旅行者にとって、東横イン三島の駐車場料金は1泊あたり1,000円（税込）と駅前エリアではリーズナブルに設定されています。ただし、敷地内駐車場は立体機械式（収容台数約60台）を中心とした完全先着順制です。ハイルーフ車や大型SUVの場合、車高・車幅制限により入庫できないケースがあるため、満車時や規格外時は駅周辺の提携外コインパーキングを利用する想定をしておく必要があります。
東横イン富士山三島駅へのアクセスは新幹線改札から極めてスムーズです。北口を出てロータリー左手を直進すれば、信号待ちなしでエントランスに到着します。なお、東横イン三島のチェックイン時間は一般利用者が16:00、チェックアウトが10:00となっています。東横イン三島の送迎バス乗り場を気にする声もありますが、当館は駅徒歩2分の至近距離にあるため定期送迎バスの運行はありません。伊豆方面の周遊バスや観光周遊バスを利用する場合は、南口バスターミナルへ移動する必要があります。
