「HAARP＝軍事兵器」というイメージが定着したのは、発足当初にアメリカ空軍、海軍、国防高等研究計画局（DARPA）が共同で資金を拠出していた歴史に起因します。極地における潜水艦との極超長波（VLF）通信や、衛星通信の妨害電波対策など、防衛通信の安定化を目的としていたことは事実です。
2015年に米軍はHAARPの研究プログラムから完全に撤退し、施設と設備はすべてアラスカ大学フェアバンクス校（UAF）へ無償移管されました。
移管後のHAARPは、世界中の研究者が利用できる公的な学術観測施設として運用されています。定期的に一般市民向けのオープンハウス（施設見学会）を開催し、実験スケジュールや送信周波数はすべて事前にウェブサイトで公開されています。機密性の高い軍事兵器どころか、現在では世界で最も透明性の高い電離圏物理研究所の一つとなっています。
