手軽になった一方で、デジタル申請特有のブラインドスポットによる控除漏れが頻発している。最大の注意点は「申請期限の壁」だ。寄付を行った翌年の1月10日（必着・電子申請完了）までに寄付先のすべての自治体へ申請を完了させなければならない。年末ぎりぎりの寄付であっても期日の猶予は一切ない。
さらに見落としがちな落とし穴が「住所変更の不一致」である。寄付後に引っ越し等で住民票の住所が変わった場合、1月10日までに変更届を提出しなければ、寄付情報が新住所の自治体に正しく通知されず、住民税の控除が適用されない事態に陥る。
また、6自治体以上に寄付してしまった場合も致命的だ。たとえ5自治体分をオンラインで申請完了していても、6自治体目に寄付した時点でワンストップ特例の権利自体が消失する。この場合、期日後に改めて国税庁のe-Tax等を通じて確定申告をやり直さなければ、寄付金額の大部分が控除されず「純粋な寄付（自腹負担）」になってしまう。
