野球部の命運を決定づけたもう一つの決定的な要因は、母体である学校法人PL学園と、その設立母体であるパーフェクト リバティー教団の構造変化にある。
最盛期には全国から信者の子弟や優秀な生徒が集まり、学園全体が巨大な熱量を帯びていた。しかし、少子化と教団信徒数の減少に伴い、学園の生徒数は年々激減。野球部を「広告塔」として巨額の資金とリソースを投じる方針は、学園経営の合理化が進むにつれて見直されていった。かつてのように特別なバックアップ体制を維持することは不可能となり、経営陣とOB会、そして指導現場の思惑は次第に決定的な亀裂を生んでいった。
