芸能界を引退した後の明穂は、表舞台から姿を消し、清瀬市の実家で暮らしていました。母親が1995年に病没して以降は、高齢となった実父と同居し、身の回りの世話を一手に引き受けながら慎ましやかな生活を送っていたとされています。
しかし、明穂を過酷な運命が襲います。週刊誌の取材に対して実父が明かした証言によると、明穂は晩年、重篤な肝硬変（かんこうへん）を患い、さらにヘルニアなどを併発して入退院を繰り返す闘病生活を余儀なくされていました。ネット上では「酒の飲み過ぎが原因ではないか」といった様々な憶測が飛び交いましたが、複数の報道機関が報じた親族の談話によれば、長期にわたる心身の疲弊や体調不良の蓄積が内臓疾患を進行させたとみられています。
2019年5月に入ると病状は急速に悪化し、歩行すら困難な状態に陥りました。そして2019年5月27日、中森明穂はわずか52歳という若さで息を引き取りました。最期を看取ったのは、同居していた実父らごく一部の親族のみでした。
