バイキン城の同居環境を語る上で欠かせないもう1人の重要キャラクターが、コキンちゃんです。2006年の劇場版短編『コキンちゃんとあおいなみだ』で初登場して以来、彼女の登場によって城内の人間関係は劇的な変化を遂げました。
公式設定におけるコキンちゃんとの関係性は、「ドキンちゃんの妹分」。実の妹であるかのような描写もありますが、正確には血縁が確定した妹ではなく、同じばいきん星からやってきた後輩のような立ち位置です。
嘘泣きによって周囲に強制的に涙を流させる能力を持つコキンちゃんの登場により、城内で最も被害を受けたのは他ならぬばいきんまんでした。ドキンちゃんのわがままに加え、さらに自由奔放なコキンちゃんに振り回されるばいきんまんの苦労は計り知れません。しかし興味深いことに、普段は傍若無人なドキンちゃんが、コキンちゃんに対してだけは「お姉さん」として面倒を見たり、叱ったりする母性的な一面を覗かせるようになります。2人の奇妙な共同生活にコキンちゃんが加わったことで、バイキン城は単なる悪の拠点から「疑似家族」の温かみを帯びる空間へと深化しました。
