無事に安全な個体を入手できたとしても、適切な下処理を怠れば風味を損なうばかりか、雑菌の繁殖を許してしまいます。カメノテは殻の継ぎ目や蛇腹状の皮のひだに、波が運んできた細かな砂や泥、海藻の破片を大量に抱え込んでいます。
アサリのような自律的な「砂抜き」はできません。カメノテは殻を閉じてしまうため、ボウルに張った塩水に浸けておいても体内の砂を自ら吐き出すことは期待できないからです。下処理の正解は、流水の下で束になった個体をバラバラにほぐし、歯ブラシや束子（たわし）を使って物理的に汚れを掻き落とすことです。皮と殻の境目にある窪みを入念にこすり洗いすることで、口に入れたときの不快なジャリジャリ感を完全に防ぐことができます。
鮮度の見極めと賞味期限にも細心の注意が必要です。カメノテは死ぬと急速に劣化が始まり、独特の磯の芳香からアンモニア臭を帯びた腐敗臭へと変貌します。
生の状態での冷蔵保存は、採取・購入から最長でも2日以内が限界です。殻がだらしなく開き、触れても全く反応がないものや、生臭さが鼻をつく個体はすでに腐敗が進んでいるため即刻廃棄してください。すぐに食べ切れない場合は、下処理を終えた後に固めに塩茹でし、煮汁ごと冷凍保存袋に入れて冷凍すれば約2〜3週間は美味しさをキープできます。
