ネット上のQ&Aサイトなどでは、「ファイル全体の改行コードをLFからCRLFに変えたいときは、置換機能で\nを\r\nに変換すれば良い」といった回答が散見されます。しかし、これは専門家の視点から見て極めて危険な誤解です。
置換機能を用いて改行コードそのものを強引に書き換えると、エディタの内部バッファ上で部分的に改行タイプが破損し、意図しない二重改行（空行の発生）や行末の不可視コード残留を引き起こします。サクラエディタにおいて、ファイル全体の改行コードや文字コードを一括変換する正規の手順は「置換ダイアログ」ではなく、エディタ本体の変換機能を使うことです。
最も手軽で確実な方法は、エディタ最下部のステータスバーを活用するアプローチです。画面下部右寄りに「CRLF」や「LF」と表示されている領域をダブルクリックするか、メニューバーの「ファイル」→「名前を付けて保存」を開きます。保存画面の下部にある「改行コード」のドロップダウンメニューから目的のコード（CRLF、LF、CR）を選択し、そのまま上書き保存を実行するだけで、エディタが内部の整合性を保ちながら全行の改行コードを一瞬で均一に変換します。文字コードと改行コードの一括変換を行いたい場合も、この保存画面のセレクターから一括指定するのが最も確実です。
また、視覚的な誤認を防ぐために「サクラエディタ 改行コード 表示設定」をあらかじめ調整しておくことも不可欠です。「設定」→「タイプ別設定」→「カラー」タブから、改行マーク（矢印）の表示色を背景色と明確に区別できるコントラストの高い色に設定しておくことで、目視でのコード混在チェックが容易になります。
