高い治療効果を持つ喉頭気管分離術ですが、外科手術である以上、術後合併症と知っておくべきリスクが存在します。事前に把握しておくべき主なリスクは以下の通りです。
- 縫合不全・瘻孔形成：閉鎖した喉頭断端の縫合部がうまく塞がらず、唾液が漏れ出て創部に感染や瘻孔（トンネル）を生じるリスク。術後早期の慎重な経過観察が必要です。
- 気管孔狭窄：首の皮膚に形成した気管孔がケロイドや瘢痕収縮によって徐々に狭くなる現象。重度の場合は孔を広げる再手術や、カニューレの再留置が必要になることがあります。
- 気管内乾燥と痂皮（かひ）形成：鼻や上気道による加湿・加温フィルター機能が失われるため、気管内が乾燥し、痰が固まって塊（痂皮）になりやすくなります。ネブライザー吸入や人工鼻（HMEフィルター）の装着による加湿管理が必須です。
経済面に関して、喉頭気管分離術の費用と保険適用は確立されています。本手術は公的医療保険の適用対象（耳鼻咽喉科・頭頸部外科手術）であり、一般的な3割負担での手術料自己負担額は約15万〜25万円程度（入院料・麻酔料等を除く概算）です。
さらに、高額療養費制度を利用することで月ごとの自己負担限度額が適用されるほか、ALSなどの指定難病受給者証や小児慢性特定疾病医療費助成制度の対象となる患者であれば、実際の窓口負担は大幅に軽減されます。費用面での過度な心配は不要であり、各病院の医療ソーシャルワーカー（MSW）への早期相談が推奨されます。
