理学療法士（PT：Physical Therapist）と作業療法士（OT：Occupational Therapist）の最も根底にある違いは、人間が営む生活動作の「どの階層」に働きかけるかに集約されます。
現場の指導者層が新人に説明する際、よく使われる比喩があります。「家を建て直すことに例えるなら、骨組みや基礎工事を行うのが理学療法士、家具を配置して実際に住める部屋へ整えるのが作業療法士」という構図です。
理学療法士の主戦場は、身体の基本的な運動機能そのものです。脳卒中や骨折、関節の変形などによって身体の自由を失った患者に対し、寝返りを打つ、起き上がる、座る、立ち上がる、そして歩くといった「基本動作能力」の再獲得を目指します。具体的には、関節の可動域を広げる運動療法や、温熱・電気・水などの物理的刺激を用いて痛みを和らげる物理療法を駆使し、身体という器の機能を物理学・運動学の視点からミリ単位で再構築していきます。
一方、作業療法士が介入するのは、そうして動き始めた身体を使って「いかに人間らしく生きるか」という応用動作能力と社会適応能力の領域です。ここでいう「作業」とは、一般的なデスクワークや軽作業だけを指す言葉ではありません。朝起きて顔を洗う、スプーンを使って食事を口に運ぶ、トイレでズボンを上げ下げする、料理を作る、趣味の編み物や絵画に没頭する、復職してパソコンを操作するといった、人が生きるために行うあらゆる活動を「作業（Occupation）」と定義しています。
さらに見逃せない決定的な違いが「精神疾患へのアプローチ」です。理学療法士の業務範囲が主に身体の運動機能障害に特化しているのに対し、作業療法士は法律上も精神障害のリハビリテーションを行うことが認められています。うつ病や統合失調症、認知症、発達障害などを抱える人々に対し、手工芸や集団レクリエーション、園芸などを通じて自己肯定感を取り戻させ、社会復帰へと導く役割は、作業療法士にしか担えない固有の専門領域です。
なお、医療機関ではここに「言語聴覚士（ST：Speech-Language-Hearing Therapist）」が加わり、言語機能や嚥下（飲み込み）のリハビリを担当することで、リハビリテーション専門職の三位一体チームが完成します。
