優れた効果を持つコンクールFですが、ネット上のレビューでは「歯が茶色く着色する」「ステインがつきやすい」といった懸念の声も散見されます。この現象には明確な科学的理由があります。
グルコン酸クロルヘキシジンは、歯の表面にあるペリクル（唾液由来の薄い膜）に吸着しやすい性質を持っています。その結果、日常的に摂取するコーヒー、紅茶、緑茶、赤ワインなどに含まれるポリフェノールやタンニンと結合し、ステイン（着色汚れ）として歯面に沈着しやすくなるという側面があるのは事実です。
ただし、これは虫歯や歯周病のような病的な異常ではなく、物理的な着色に過ぎません。定期的な歯科医院でのクリーニング（PMTC）や、適切なブラッシングを行うことで簡単に除去できます。
また、副作用に関して、国内で販売されているコンクールFは日本人の粘膜刺激基準に合わせた適切な低濃度で処方されています。海外の高濃度クロルヘキシジン製剤で見られるような味覚障害のリスクは極めて低い設計となっていますが、ごくまれにクロルヘキシジンに対する過敏症（アレルギー反応）を持つ方もいるため、発疹やかゆみなどの異常を感じた場合は直ちに使用を中止する必要があります。
