同校は小学部、中学部、高等部の3学部で構成されており、発達段階に応じた一貫性のある教育プログラムが整備されています。それぞれの学部分類における指導の要点は次の通りです。
小学部では、基本的生活習慣の確立と集団行動のルール習得が最優先されます。遊びや感覚運動を取り入れた活動を通じ、表現する喜びや人との関わりを学びます。
中学部に進むと、自立活動の比重が高まるとともに、作業学習が本格的に導入されます。紙工、木工、窯業、縫製などの作業班に分かれ、働く基礎姿勢（挨拶、返事、時間管理、身だしなみ）の体得を目指します。
そして保護者からの注目が最も高いのが高等部です。豊川特別支援学校の高等部は、平尾町の本校に加えて「本宮校舎」（愛知県立宝陵高校の敷地内）を有している点が大きな特色です。本宮校舎では、流通・サービス、福祉、農業、リサイクルなど、企業就労を強く意識した実践的な作業教育が集中的に行われています。実習設備や受託作業の質は極めて高く、生徒が自ら考え行動する自立心を育てる土壌が確立されています。
