館内は4つのフロアから構成されており、展示面積も広大です。滞在時間の目安は、見学スタイルによって以下のようになります。
・サクッと見学（主要展示のみ）：約1.5時間〜2時間
・標準的な鑑賞（展示＋サロン体験）：約2.5時間〜3時間
・じっくり体験（オープンセミナー参加＋深田公園散策）：約4時間〜半日以上
おすすめの王道ルートは、まず4階のエントランスから入場し、吹き抜け空間から全体を見渡したのち、3階の丹波竜化石展示と恐竜ラボへ向かうコースです。その後、2階・1階の生態系展示や地球の歴史コーナーを巡り、最後に3階のひとはくサロンで体験型教材に触れると、自然科学の流れを体系的に理解できます。
館内を出た目の前には広大な「深田公園」の芝生広場が広がっているため、晴天時には屋外散策とセットにした半日プランを組み立てるのが快適な過ごし方です。
