紫雲膏が「シミ取りクリーム」のように語られる最大の背景には、有効成分である紫根（シコン）が持つ優れた肉芽形成促進作用と抗炎症作用が存在します。火傷やひび、あかぎれ、外傷の治療薬として日本薬局方に収載されているこの軟膏は、損傷した皮膚組織の再生を急速に後押しする特性を持ちます。
皮膚がダメージから回復する過程でターンオーバーが促進されると、表皮細胞に滞留していたメラニン色素が角質とともに押し出されやすくなります。特に、ニキビや傷、虫刺されの跡に残った炎症後色素沈着（PIH）に対しては、肌の代謝リズムが整うことで「徐々に薄くなった」という実感を得るケースが実際に報告されています。これがネット上で拡大解釈され、「どんな頑固なシミでも消し去る魔法の軟膏」という誤った言説へと発展したのが噂の真相です。
しかし、医学的な観点から明確に区別しなければならないのが「加齢や長年の紫外線蓄積による老人性色素斑（日光黒子）」や「女性ホルモンバランスの乱れに起因する肝斑」です。これらは基底層から真皮層近くにかけてメラノサイトが恒常的にメラニンを過剰生成している状態であり、肌表面の創傷治癒を促す紫雲膏単体で完全に消失させることは極めて困難です。ハイドロキノンのようなメラニン生成阻害作用や還元作用を持つ美白有効成分とは作用機序が根本から異なる点を認識しておく必要があります。
