物語の起点は、シンジが日常の学校生活へと戻りつつある平穏から始まります。しかし、教室の窓際に座るファーストチルドレン・綾波レイは、他の生徒と一切言葉を交わさず、全身に包帯を巻いた痛ましい姿で静止していました。このエピソードによって、視聴者は初めて新世紀エヴァンゲリオン 第伍話 解説が示す「もう一人の主人公」の異常な生い立ちに直面することになります。
シンジは彼女と接触を図ろうとするものの、レイは完全に心を閉ざし、事務的な対応しか見せません。そんな中、シンジは彼女が大切に保管している「割れたメガネ」の存在を知ります。それは、冷酷無比な司令官としてシンジを突き放し続ける父・碇ゲンドウのものでした。自分には一度も向けられたことのない温かな眼差しと笑みをレイに向ける父を目撃したシンジは、激しい疎外感と嫉妬に苛まれます。
そして物語の後半、リツコからレイの新しいIDカードを届けるよう頼まれたシンジは、彼女の暮らす第3新東京市の薄暗い公団住宅を訪れます。血のついた包帯が散乱し、生活感の完全に欠落した部屋。そこで偶発的なアクシデントが発生し、シンジはレイの感情を激しく逆撫でして平手打ちを食らうことになります。一連のシークエンスは、単なる思春期のドタバタ描写ではなく、他者との距離感を測れない子どもたちの心理的ディスタンスを冷酷に描き出したエヴァ レイ 心の向こうに あらすじの白眉と言えます。
