プレイヤーが直面する最大の壁が、「ペイント（修復・善）」と「イレーサー（消去・破壊）」のどちらを主軸にして世界と対話するかという点です。敵を倒す手段ひとつとっても、ペイントで満たして友好的な仲間へと浄化するか、イレーサーで完全に消滅させて即座に排除するかで、世界のカルマ値と周囲の反応が劇的に変化します。
物語の結末を左右するエピックミッキーエンディング分岐条件は、主に「主要ボスの処理方法」「街の修復度」「クエストでの人助けの達成度」の3要素で厳密に計算されています。エンディングは大きく分けて3種類存在します。
- 真エンディング（ペイントルート）：すべてのボスをペイントによって浄化・和解し、グレムリン救出や街の修復を完璧にこなした状態。ミッキーとオズワルドの間に真の兄弟愛が芽生え、ウェイストランドに希望の光が戻る完全無欠のハッピーエンド。
- バッドエンディング（イレーサールート）：ボスを暴力的に溶かし尽くし、住人の依頼を無視して破壊の限りを尽くした結末。世界は崩壊へ向かい、オズワルドとの心理的断絶は修復不能な亀裂を残します。
- ニュートラルエンディング：善行と破壊が混在した場合の結末。救われた者と見捨てられた者の明暗が分かれるビターなエピローグとなります。
グッドエンドを目指す上で最初の難所となるのが、トラウマ級の威容を誇るクロックタワーボスの倒し方です。時計塔の腕が振り下ろされた際、イレーサーで腕を溶かせば素早くダウンを奪えますが、それではグッド条件から脱落します。正解は、振り下ろされた腕の側面にある下地へペイントを注ぎ込んで修復し、無力化することです。両腕をペイントで満たすと頭部が露出するため、回転する歯車足場を正確に飛び移りながら、顔面へペイントを浴びせ続けることで「救済クリア」が成立します。
中盤の要所であるマッドドクター選択の真相も見逃せません。狂気の科学者である彼に対し、アニマトロニクス装置をイレーサーで破壊し尽くすか、動力部へペイントを流し込んで良心を取り戻させるかで、後半の街の発展度と獲得できる限定ピンバッジが完全に分岐します。力技でねじ伏せる誘惑に抗い、リソースを管理しながら筆を振るう忍耐こそが、真のエンディングを開く鍵となります。
そして最終決戦、災厄の元凶であるシャドウブロット攻略法においては、外郭の触手攻撃を回避しつつ、露出する核へどちらの液体を撃ち込むかが問われます。ペイントのみで削り切るには膨大なインク容量が要求されるため、道中で最大所持量を強化しているかどうかが勝敗の分かれ目を生みます。
