サンデーサイレンスが日本競馬にもたらした最大の遺産は、その卓越したサイアーライン（父系）の分岐と発展です。初期はフジキセキやダンスインザダーク、アグネスタキオンが後継として種牡馬ランキングを牽引しましたが、ディープインパクトの登場によって血統地図は劇的に塗り替えられました。
現在、日本の血統地図は主に3つの大きなサンデー直系グループに分かれて進化を続けています。
- ディープインパクト系：キズナ、コントレイル、シルバーステートなど。卓越したスピードとキレ味を受け継ぎ、クラシック戦線において中心的な役割を担う。
- ハーツクライ系：スワーヴリチャード、ドウデュース、ジャスタウェイなど。父譲りの成長力と欧米の芝にも適応できる持続力を武器に、中長距離路線で存在感を示す。
- ブラックタイド系：ディープインパクトの全兄であるブラックタイドから出た歴史的名馬キタサンブラック。さらにその産駒であるイクイノックスが世界ランキングトップに君臨するなど、サンデーの強靭なフィジカルとスタミナを色濃く受け継ぐ。
血統の飽和が進んだことで、かつては禁忌とされがちだった「サンデーサイレンスの3×4（奇跡の血量・18.75%）」などのインブリード配合が近年のGI馬に多数出現しており、サンデーの遺伝子は代を重ねても衰えない推進力として活用されています。
