豆乳ヨーグルトが「体に悪い」と語られる背景には、単なる都市伝説だけでなく、科学的な根拠や実際の体調変化に基づいた理由が存在します。主な懸念点は大きく分けて次の4つに集約されます。
第1に挙げられるのが大豆イソフラボンの過剰摂取です。大豆イソフラボンは女性ホルモン「エストロゲン」と構造が似ているため、健康効果が期待される半面、摂りすぎによるホルモンバランスの乱れが懸念されます。第2に、健康志向から広まった手作りヨーグルトの衛生トラブルです。市販品と異なり、家庭環境での発酵管理は雑菌の温床になりやすいという重大なリスクを抱えています。
第3はお腹の張りや下痢といった消化器系の不快感です。大豆に含まれる大豆オリゴ糖や食物繊維は腸内環境を整える一方で、過敏性腸症候群（IBS）や体質によっては腹痛や軟便の引き金となります。そして第4に、加糖タイプをヘルシーだと過信して食べすぎることによる糖質過多・体重増加です。これらの要因が混ざり合い、「豆乳ヨーグルトは危険」という強い警戒感としてネット上で拡散されています。
