ヘルシーで高タンパクな食品として評価されるはんぺんだが、購入時にはアレルギー物質の確認が欠かせない。先述の通り、一般的な商品には「卵（卵白）」や「山芋（やまいも）」が含まれているため、これらに対するアレルギーを持つ家族がいる場合は十分な注意が必要となる。
食品表示の適正化を推進する農林水産省や消費者庁のガイドラインに基づき、昨今はパッケージ前面へのアレルゲン明確表示が加速している。また、大豆由来成分（大豆タンパク）がツナギとして使われるケースもあるため、アレルギー体質の方は原材料名を一読する習慣をつけたい。近年では、アレルギー対応として「卵白不使用」や「山芋不使用」を前面に出した専用はんぺんも開発されており、選択肢は着実に広がっている。
