第二種奨学金の金利上限は、日本学生支援機構法および関連規則により年3.0%と明確に定められています。市販のフリーローン（金利年5〜14%程度）やクレジットカードのリボ払い（年15.0%前後）と比較すると、公的な制度として利息は極めて低水準に抑制されています。
奨学金の利子の仕組みにおいて極めて重要なのが、「貸与期間終了時（卒業時）に適用利率が決まる」という点です。申込時点の金利ではなく、大学や専門学校を卒業するタイミングの市場金利をベースに利率が確定します。また、在学中の4年間に利息は一切発生せず、卒業した翌月から利息の計算がスタートする設計となっています。
利率の算出基準には、国債の利回りや財政投融資などの資金調達コストが反映されており、民間金融機関のローンに比べると利用者保護の手厚い設計になっています。しかし、元本が数百万円規模に達すると、たとえ1%前後の低金利であっても総支払利息は無視できない額になります。
