手軽な調理法である反面、衛生管理を怠ると雑菌が繁殖し、品質劣化を招くリスクが存在します。市販のヨーグルトは無菌環境で製造・密閉されていますが、一度フタを開けて異物を挿入する以上、空気中の雑菌や手の常在菌が触れる機会が生まれるためです。
乳業メーカー各社が公表している知見に基づくと、ヨーグルトの水切りを行う際は「清潔なスプーンの使用」「必ず10℃以下の冷蔵庫内で保存すること」「キッチンペーパーを素手でベタベタ触らないこと」の3点が安全確保の鉄則となります。常温で放置すると乳酸菌以外の雑菌が増殖し、異臭や変色の原因となります。
水切り後の賞味期限に関しては、容器記載の未開封賞味期限にかかわらず、水切り完了後2〜3日以内を目安に食べ切ることが基本です。水分が抜けることで酸味がまろやかになり日持ちするように錯覚しがちですが、開封後の二次汚染リスクを考慮した早めの消費が不可欠です。