雪道や未舗装路での走破性を目指して選ばれる「プロボックス 4WD」ですが、リフトアップにおいては2WD（FF）モデル以上にシビアなメカニカルリスクを抱えています。熟練のメカニックが最も警鐘を鳴らすのが、フロントドライブシャフトのジョイント角度（ドラシャ角）のきつさです。
プロボックスの4WD機構はフロントエンジン・ビスカスカップリング式4WDを採用しており、元々の設計が車高を上げる余白を大きく持っていません。サスペンションだけで40mm近く持ち上げると、インナー側のドライブシャフトジョイントに過剰な角度がつきます。この状態のまま走行を続けると、以下のような深刻な破損を招くリスクが高まります。
現場の整備士によると、「納車後わずか5,000kmほどでドライブシャフトブーツが破れ、グリスがホイールの内側に飛び散って異音が発生した」「急加速時や低速旋回時にフロアから『ゴゴゴ』というジャダー（微振動）が伝わるようになった」という相談が絶えません。4WDで安心安全にリフトアップを行うには、キャンバーボルトによるアライメント補正だけでなく、フロントデフそのものを数ミリ〜十数ミリ下げる「デフダウンキット」の併用が必須となります。
また、2014年以降の後期型に標準装備されたToyota Safety Sense（衝突回避支援パッケージ）のミリ波レーダーおよび単眼カメラも注意点です。車高が上がるとセンサーの認識角度が狂い、誤作動やシステムエラー警告灯の点灯を引き起こす可能性があります。エーミング（先進安全装置の電子校正作業）に対応できる専門設備と認証を持ったショップで施工しなければ、万が一の際に自動ブレーキが正常に作動しない危険性をはらんでいます。
