地下3階から地上2階まで広がる館内には、教科書で誰もが目にした名作がずらりと並びます。その中でも絶対に外せないハイライトが、地下3階に位置する「システィーナ・ホール」です。バチカンのシスティーナ礼拝堂にあるミケランジェロの天井画・壁画『最後の審判』を、空間ごと原寸大で完全再現した立体展示は言葉を失う迫力です。2018年のNHK紅白歌合戦にて、徳島出身の米津玄師さんが代表曲『Lemon』を幻想的なロウソクの灯りの中で歌唱した舞台としても全国的に知られています。
近代アートフロア（地下1階）で屈指の注目を集めるのが、ヴィンセント・ヴァン・ゴッホが描いた花瓶のヒマワリ全7点を一堂に集めた「7つのヒマワリ」です。世界各地に分散している作品群だけでなく、第二次世界大戦の空襲（芦屋空襲）によって日本で焼失してしまった「幻のヒマワリ（通称：芦屋のヒマワリ）」も陶板で見事に甦っています。原画では物理的に不可能な「7作の同時鑑賞」が叶うのは、世界中でもこの大塚国際美術館だけです。
さらに、地下2階の屋外吹き抜け空間に広がる「モネの大睡蓮」も見逃せません。フランス・オランジュリー美術館の楕円形展示室を再現しつつ、周囲には本物の睡蓮池を配置。自然光と季節の風、水面の揺らぎとともに名画を鑑賞できる贅沢な環境展示は、屋外でも劣化しない陶板名画だからこそ実現した唯一無二の展示形態です。
