数々の噂がある一方で、エネルギーの強大さを実感する参拝者のクチコミは後を絶ちません。富士山から噴出する龍脈（大地のエネルギーライン）上に位置するため、心身の浄化や運気好転、電磁波ストレスからの解放を求めて多くの人々が訪れます。
不二阿祖山太神宮では、一般的な神社（二礼二拍手一礼）とは異なる独自の参拝作法が推奨されています。
- 独特な手水と作法：左右の手や身体を清める際、特定の言霊や順序に沿った清め方が案内されています。
- 無限大（∞）を描く足踏み・身体の調整：境内の特定のポイントでは、大地のエネルギーと一体化するための所作が案内板で解説されています。
- 三宝鳥居のくぐり方：三方向に柱が立つ特殊な鳥居を定められた順路で巡ることで、強力な祓い清めの効果が得られるとされています。
また、社務所で頒布されている「御朱印」も特徴的です。神代文字（古代文字）がダイナミックに墨書されたアートのような御朱印は、歴史ファンや御朱印コレクターから高い評価を得ています。初穂料は一般的な神社と同程度の500円〜1,000円前後で受けることが可能です。
